Les grands bouleversements engendrés par la COVID-19 dans quasiment tous les systèmes sociaux ont eu des effets sur le mode d’enseignement au Bénin. L’objectif de la présente recherche est d’analyser ces effets sur le système éducatif béninois. Dans le cadre de cette recherche de nature mixte, la population cible est constituée d’étudiants, d’enseignants et des responsables institutionnels en charge de l’éducation. L’échantillon a regroupé 176 sujets choisis selon la technique d’échantillonnage par choix raisonné (151 sujets) pour les étudiants, (22 sujets) pour les enseignants et (06 sujets) pour les personnes ressources. Des données sont collectées à travers la recherche documentaire, l’enquête par questionnaire et l’entretien. L’analyse des données a révélé que la COVID-19 a engendré l’usage à grande échelle du numérique dans les établissements d’enseignement universitaire du Bénin. Elle a entrainé par ailleurs un éveil de conscience chez les acteurs, doublé d’un engagement moyen pour l’adoption d’un dispositif de cours à distance via des plateformes notamment zoom, teams et WhatsApp dans l’éducation formelle. Comme perspective, il est suggéré l’adoption du mode hybride comme mode standard d’enseignement dans les établissements universitaires du Bénin.